O Ensino Médio do Sedes oferece aos alunos um conteúdo completo,  dividido em duas grandes frentes de atuação que se complementam: o  amadurecimento dos valores humanos e também uma intensa preparação para os  principais vestibulares do País.

Os valores  humanos são trabalhados através da continuidade do Projeto Revelação (por meio  do qual os estudantes escolhem, em grupo, um tema de interesse para pesquisar  que tenha envolvimento social).

Outra iniciativa nesse sentido, é o Projeto "Dom  Empreendedor", no qual os alunos começam a receber noções de como colocar  em prática o sonho de ter seu próprio negócio. Fazem parte do conteúdo muitas  orientações a respeito de cidadania e também a elaboração de um plano de  atuação.

Quanto à preparação para os vestibulares, é muito intensa no Sedes.  Desde 2004, há uma parceria entre o Colégio e o Cursinho da Poli. Atualmente, os alunos do 3º Ensino Médio do Sedes  utilizam o mesmo material didático que é aplicado em São Paulo.
Cursos específicos para o Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM),  diversos simulados, atividades ligadas ao Grupo de Estudos do Conhecimento  (GREC), dentre outras, também integram a preparação que o Sedes oferece a seus  estudantes.